Elle est sécuritaire au même degré que n’importe quel site Web interne, courriel ou lecteur partagé du gouvernement. GCpédia est hébergé sur du matériel de Services partagés Canada et est sauvegardé tous les jours. De plus, le SCT fait régulièrement des copies de sauvegarde du site. Les pages sont également protégées contre la suppression par les utilisateurs grâce à l’onglet Historique de la page du site. Si quelqu’un supprime du contenu ou une page, l’historique de la page demeure en place, ce qui permet à un utilisateur d’afficher les versions précédentes de la page. Toutes les modifications apportées dans GCpédia sont entièrement attribuables à la personne qui modifie la page.

 Le logiciel Mediawiki est axé sur l’ouverture. Par conséquent, si un niveau élevé de contrôle des accès s'avérait nécessaire, il ne représenterait peut-être pas la meilleure solution. Les modifications découlant d’un problème représentent rarement un enjeu dans GCpédia. D’ailleurs, la simple publication d’un avis demandant aux autres de s’abstenir de modifier une page a généralement l’effet désiré.

À titre d'outils de collaboration de masse, GCpédia ne sera jamais un emplacement pour de l'information sensible.